生物燃料的生产难题

生物燃料的作物被生物质分解或者烧荒种地，导致需要数十年甚至数个世纪的生物燃料才能补偿所排放的碳。为了生产生质燃料，许多土地被改为农地，尤其是开发新的农地会破坏生态。生质燃料的大量使用也造成粮食价格上涨，并威胁贫穷人口的生存。 　　

为了制造及运输生质燃料会产生污染、二氧化碳排放及使用水资源、化肥。在地生产使用生质燃料可以减少这些问题，但是就算在地生产，生质燃料在环保上可能还是不值得，甚至有些研究显示、一些已经量产的生质酒精在经济上都是不值得──例如制造玉米酒精所需要的能量会超过玉米酒精能提供的能量。

用桐油树可用于生产生质燃料，这些作物可生长在不适于粮食作物生长的荒地、几乎不需施肥，其种子亦不可食用，对粮食生产影响更小。但有些人认为还是要避免以下状况：有些第三世界国家的农民，可能会为了赚钱，而把原本用来生产粮食作物的土地，拿来种植能源作物；就算能源作物本身不可食、也可以在不食之地种植，但是还是有减少粮食生产的危险性。

采用废弃食用油来生产生质柴油不会占用食物来源，被认为是目前真正值得推广的生质燃料，但是废油中含有许多无用物质，会增加生产问题。